В 1932 году по инициативе академика П.Ф.Здродовского был создан «Отдел эпидемиологии» для проведения экспериментальных исследований по инфекционной патологии, а также для бактериологической диагностики причин заболеваний и гибели обезьян. Первым заведующим был ученик П.Ф.Здродовского Б.В.Воскресенский. Штатными сотрудниками отдела – Е.В.Абрамовой, О.Н.Викторовой и А.С.Аксеновой – был описан ряд спонтанных инфекционных заболеваний обезьян: дизентерия, паратифозная инфекция, туберкулез, малярия. Основной причиной гибели животных была дизентерия. Эти сотрудники внесли весомый вклад в изучение этиологии наблюдавшихся заболеваний и в разработку противоэпидемических мероприятий. Они были активными участниками проводившихся в этот период экспедиционных научных исследований. На базе отдела были апробированы и внедрены в практику здравоохранения высокоэффективные методы активной профилактики столбняка и дифтерии (П.Ф.Здродовский и Б.В.Воскресенский), под руководством П.Ф.Здродовского в 1933 – 34 гг. Е.М.Голиневич и О.И.Николаева провели исследования по изучению экспериментального менингококкового менингита на обезьянах. Были проведены также исследования по клещевому возвратному тифу (Е.И.Павловский), эпидемическому сыпному тифу, азиатской холере (З.В.Ермольева), по этиологии и эпидемиологии ряда вирусных энцефалитов (Л.А.Зильбер, А.К.Шублазде). С 1948 по 1961 гг. академик М.П.Чумаков и профессор М.К.Ворошилова на базе лаборатории проводили широкие исследования по полиомиелиту, имевшие огромное значение для разработки полиомиелитной вакцины.
В 1951 г. отдел был реорганизован в лабораторию инфекционной патологии, нештатным руководителем которой стал академик В.Л.Троицкий – крупнейший специалист по кишечным инфекциям.
В 1961 г. заведующей лабораторией стала ученица В.Л.Троицкого Э.К.Джикидзе. Основными направлениями работы лаборатории являлись сравнительное изучение спонтанных инфекций обезьян, определение сходства и отличия возбудителей заболеваний обезьян от возбудителей соответствующих инфекций человека, моделирование на обезьянах этих инфекций человека с целью дальнейшего использования моделей для изучения патогенеза, иммунитета, методов лечения, испытания вакцин и других биопрепаратов, сравнительное изучение естественной резистентности к инфекциям разных видов обезьян, научно-практическая работа по бактериологической диагностике инфекционных заболеваний, разработка мероприятий по снижению заболеваемости и смертности обезьян.
В ИЭПиТ в 1960-е годы была получена адекватная модель крупозной пневмонии на обезьянах путем заражения пневмококками. Несомненную ценность представляет получение впервые в мире модели ангины, вызванной L-формами β-гемолитического стрептококка (совместно с сотрудниками ИЭМ имени Гамалеи, Москва).
Изучена роль микоплазменной инфекции в спонтанной патологии обезьян, созданы модели микоплазма-пневмонии и заболеваний урогенитального тракта. Впервые установлена микоплазменная природа межуточной пневмонии у обезьян и выделен возбудитель – M. Pneumoniae, аналогичный возбудителю соответствующего заболевания человека. Впервые установлена патогенность для обезьян ахолеплазм и возможное их участие в развитии хронических вяло текущих нефритов и циститов (Э.К.Джикидзе, Е.Я.Балаева, А.Н.Марантиди, Р.И.Крылова, С.М.Пекерман).
На базе ИЭПиТ проведены сравнительно-видовые и возрастные исследования кишечной микрофлоры обезьян в норме и при патологии. Установлены нормативные показатели микрофлоры, а также факторы, способствующие нарушению её качественного и количественного состава (С.А.Шагинян).
На моделях спонтанных и экспериментальных кишечных и кокковых заболеваний обезьян разработаны и внедрены в практику здравоохранения методы комбинированной иммуно- и химиотерапии для лечения острой и хронической дизентерии и санации бактерионосителей, парентерального циклического лечения кишечных и легочных заболеваний препаратами тетрациклинового ряда. Испытаны на обезьянах и внедрены в клиническую практику биопрепараты: бификол, бифидобактерин, комплексный иммунологический препарат (КИП). Практически все отечественные вакцины против шигеллезов и сальмонеллезов (корпускулярные, химические, живые, а также субъединичные рибосомальные) были испытаны на обезьянах.